Στο μικροσκόπιο των εισαγγελικών αρχών και της Βουλής έχουν μπει οι 15 μεγαλύτερες συμβάσεις που έγιναν επί υπουργίας Γιάννου Παπαντωνίου, συνολικής αξίας 6,226 δισεκατομμυρίων ευρώ, ορισμένες εκ των οποίων χρυσοπληρώθηκαν χωρίς να παραλάβουμε ποτέ αυτά που πληρώσαμε.
Στον παρακάτω πίνακα φαίνονται τα μεγάλα...
εξοπλιστικά προγράμματα που χειρίστηκε και υπέγραψε ως υπουργός ο κ.Παπαντωνίου την περίοδο 2002-2003, για τα οποία έχει μπει στο στόχαστρο των Αρχών. Πρόκειται για έξι φακέλους οπλικών συστημάτων που αποκτήθηκαν επί ημέρων του.
 
.
Σύμφωνα με την εφημερίδα «Δημοκρατία», ορισμένες από τις παραπάνω προμήθειες ήταν εκτός του εξοπλιστικού προγράμματος της εποχής. Παράλληλα, αναφέρει η ίδια εφημερίδα, ερωτηματικά υπάρχουν για την χρηματοδότηση μέσω swap agreement με την Deutche Bank για την προμήθεια των 12 ελικοπτέρων Apache, μέθοδος που ανέβασε το κόστος κατά 70 εκατομμύρια δολάρια.
Η συγκεκριμένα προμήθεια υπογράφηκε το 2003, υποτίθεται πως ολοκληρώθηκε το 2007, έχει προκαταβληθεί το 50% ωστόσο η εταιρεία έχει παραδώσει μόλις 4 από τα 24 συνολικά ελικόπτερα! Με τον ίδιο τρόπο φαίνεται ότι έγινε και η προμήθεια των μεταφορικών ελικοπτέρων NH-90, για την ταχύτητα υλοποίησης της οποίας υπάρχουν επίσης ερωτηματικά. Κι αυτό γιατί η σύμβαση υπογράφηκε σε χρόνο-ρεκόρ: αποφασίστηκε η προμήθεια μεταφορικών ελικοπτέρων στο ΚΥΣΕΑ στις 26 Νοεμβρίου 2002, επιλέχθηκαν τα NH-90 στις 31 Δεκεμβρίου 2002 και ένα μήνα μετά 28 Ιανουαρίου 2003 υπογράφηκε απο τον κ.Παπαντωνίου η απευθείας ανάθεση στην συγκεκριμένη κοινοπραξία. Η σύμβαση προέβλεπε την παράδοση του τελευταίου ελικοπτέρου το 2009, αλλά αυτό δεν έχει γίνει μέχρι σήμερα! Αντίστοιχο θέμα υπάρχει και με τα άρματα μάχης Leopard 2HEL, το μεγαλύτερο εξοπλιστικό πρόγραμμα επί Παπαντωνίου που κόστισε 1,7 δισ. ευρώ. Στο κόστος αυτό δεν περιλαμβάνονται πυρομαχικά, καθώς τα συγκεκριμένα άρματα μάχης αγοράστηκαν «γυμνά» από τη Γερμανία...
Η «Δημοκρατία» αναφέρεται σε δημοσιεύματα τεσσάρων γαλλικών εφημερίδων το 2005, όπου το πρώην στέλεχος της Thales, Μισέλ Ζοσεράν, κατήγγειλε χρηματισμό έλληνα υπουργού την περίοδο 2002-2003 για την προμήθεια εκσυγχρονισμού των φρεγατών “S”. Την προμήθεια υπέγραψε το 2003 ο Γιάννος Παπαντωνίου.
Αξίζει να σημειωθεί ότι το όνομα του κ.Παπαντωνίου επανήλθε στην επικαιρότητα και λόγω της συζύγου του, κυρίας Σταυρούλας Κουράκου, το όνομα της οποίας φαίνεται να περιλαμβάνεται στη φερόμενη ως «Λίστα Λαγκάρντ».
Η ίδια εφημερίδα επικαλείται δήλωση δικαστικού παράγοντα, με πρόσβαση στα στοιχεία της υπόθεσης, ο οποίος φέρεται να είπε ότι «Ο κ. Παπαντωνίου δεν αποκλείεται να έχει την τύχη του Τσοχατζόπουλου».